水稻秧田播種出苗後，即進入秧田管理期，要重點抓好肥水管理和病蟲害防治工作，特別是不同育秧方式肥水管理措施有差異，應注意區分。
科學管水 肥床旱育秧3葉期前保持床土濕潤，3葉期後嚴格控水，看苗補水。當秧苗中午卷葉、傍晚能舒展時可以不澆水，但傍晚前葉片還不能舒展吐露的，應在第二天上午及時補水（切忌中午澆冷水），達到控上促下，育出根係發達、矮壯老健的旱育秧苗。機插秧育秧揭膜（無紡布）前保持盤麵濕潤不發白，缺水補水；揭膜至2葉期前建立平溝水，保持盤麵濕潤不發白，盤土含水又透氣，以利於秧苗盤根；2～3葉期視天氣情況勤灌跑馬水，做到前水不接後水；移栽前3～4天，灌半溝水蹲苗，以利於機插。塑盤拋秧育秧播後至1葉1心期保持畦麵濕潤，1～3葉期以淺水、濕潤為主，3葉期後嚴格旱管，看苗補水，當秧苗發生卷葉到第二天早晨尚未完全展開再補水。秧田後期如遇連續陰雨天氣，應及時排水降漬，防止肥水碰頭秧苗躥高；如遇持續幹旱，應在拋栽前1天補澆送嫁水（不宜灌水，否則起盤困難，易損壞秧盤），以免根球鬆散影響拋栽。常規濕潤育秧落穀到1葉1心期，做到晴天滿溝水，陰天半溝水，雨天放幹水，保持秧板濕潤。3葉期建立水層，實行淺水勤灌，促進分蘖生長。采用微噴灌的，一般上午10時前後、下午4時前後各噴水一次，根據栽插秧齡需要，科學確定噴水時間。
適時適量施苗肥 肥床旱育秧1葉1心期施Ê斷奶Ë肥，每畝用尿素7.5～10公斤；3葉期施長粗肥，每畝用尿素7.5公斤左右，4葉期後酌情補肥。每次施肥必須加水配成1%左右的肥液均勻淋施，嚴防肥害燒苗。使用壯秧營養劑的機插秧育秧一般不需要施追肥，但秧苗在1葉1心期葉色較淡時，可以每畝施尿素4～4.5公斤，於傍晚待秧苗葉尖吐水時建立薄水層後均勻撒施或加水1000公斤澆施。塑盤拋秧育秧1葉1心期和起秧前2～3天，建立水層後分別每畝施尿素4～5公斤。常規濕潤育秧要早施Ê斷奶Ë肥，看苗巧施接力肥，重施起身肥。Ê斷奶Ë肥在1葉1心期每畝施尿素5～6公斤，接力肥在3～4葉期每畝施尿素3～5公斤，起身肥在拔秧前2～3天每畝施尿素8～10公斤。